Desde 2019, a Associação Brasileira de Editores Científicos (ABEC Brasil) realiza anualmente uma auditoria contábil independente. Pelo quarto ano consecutivo, a entidade recebeu a aprovação de suas contas referentes ao exercício do ano de 2023.
Esta auditoria é feita com o auxílio do Departamento Financeiro, já que este apresenta uma detalhada documentação que é diligentemente avaliada pelos auditores até que seja emitido um relatório atestando que não foi encontrada qualquer irregularidade. O trabalho de auditoria foi desenvolvido por uma empresa especializada em organizações do terceiro setor.